Dassault SystèmesVélizyNon précisé
Détail du poste
Sujet : Single Cell phylogénie et intégration omics
L'organisation Virtual Twin of Human Technology de Dassault Systèmes est une équipe pluridisciplinaire dans des domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise. Elle réalise une veille scientifique et technologique permanente ainsi que des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité des nouvelles technologies et des connaissances scientifiques à une nouvelle dimension de la santé humaine.
Au sein de l'équipe Metabolic Twin, notre projet d'estimation du risque cardiovasculaire pour des personnes à haut risque nous amène à développer des algorithmes d'intégration de données hétérogènes complexes. Nous travaillons en lien étroit avec des cliniciens, des cardiologues et des académiques.
Contexte scientifique
Les maladies cardiométaboliques
Les cellules immunitaires présentent une propriété biologique remarquable : leur récepteur (BCR) constitue un code-barres moléculaire unique. Il est donc possible de reconstruire par méthodes phylogénétiques l'histoire généalogique de chaque famille clonale, à partir des mêmes cellules dont on mesure par ailleurs le transcriptome.
Hypothèse de travail du stage : l'état métabolique modifie l'architecture de la réponse immunitaire. Cette signature serait mesurable dans le sang périphérique et constituerait un candidat pour l'enrichissement des modèles de risque cardiovasculaire.
Vos missions
Lors de ce stage, vous développerez et intégrerez un pipeline bioinformatique reproductible permettant, à partir de données brutes de séquençage en cellule unique, de reconstruire la phylogénie des familles clonales de lymphocytes et de la coupler au profil transcriptomique de chaque cellule et patient.
Vous travaillerez en étroite collaboration avec les ingénieurs de recherche de l'équipe Metabolic Twin ainsi que ceux du département Virtual Twin for Human ainsi qu'un chercheur Académique.
Étapes de travail
1. État de l'art et qualification des données
2. Implémentation du pipeline de répertoire immunitaire
3. Intégration et analyse
4. Validation et restitution
Vos qualifications
Actuellement en Master 2 / Bac +5 en École d'ingénieur ou Université, vous vous spécialisez en Bioinformatique / Computational Biology et recherchez un stage entre 5 et 6 mois.
Compétences techniques souhaitées :
Compétences professionnelles souhaitées :
Ce que le stage vous apportera
Nous rejoindre c'est aussi
Intégrer une entreprise scientifique au coeur de l'innovation technologique, portée par une forte croissance depuis plus de 40 ans.
Principaux avantages et bénéfices :